Первые годы своей жизни он провел в заточении. Выбив в стене своей камеры очертания человеческого лица, Кимимаро разговаривал со статуей, называя ее богом: «Если ты есть, почему я нахожусь в этом ужасном месте и за что так страдаю?» Члены клана Кагуя держали его взаперти, опасаясь смертоносной Измененной ДНК ребенка. После того, как весь клан погиб в сражении с ниндзя Тумана, Кимимаро стал скитаться по стране, пока не встретил Оротимару. Кимимару ничего не знал о мире: Оротимару застал его разговаривающим с цветком. Он приютил бездомного Кимимаро и стал его наставником. Оротимару привлекла уникальная Измененная ДНК Кимимаро — он был способен манипулировать своими костями, отращивать новые и использовать их в качестве оружия и защиты. Оротимару собирался сделать Кимимаро своим следующим вместилищем для техники Бессмертия, но последний заболел неизвестной болезнью, приковавшей его к постели — сказалось долгое заточение в ужасных условиях.

Став бесполезным, при первой же возможности Кимимаро решил доказать преданность своему господину и принести ему Саскэ, но в битве с Гаарой он погибает из-за своей болезни.

Позже становится известно, что Кимимару был лучшим другом Дзюго.

Боевые танцы Кимимаро:

1. Янаги но Май — Танец Ивы (первый танец, примененный против Наруто).
2. Цубаки но Май — Танец Камелии (танец, использованный против Наруто и Рока Ли).
3. Карамацу но Май — Танец Сосен (танец, использованный против Рока Ли).
4. Тэссэнка но Май — Танец Клематиса (танец, использованный против Гаары).
5. Савараби но Май — Танец Растущего Папоротника (последний и самый мощный танец, примененный против Рока Ли и Гаары).