Сюжет манги начинается с момента, когда одна из клеймор по имени Клэр приходит в небольшой городок с заданием ликвидировать ёма. Когда Клэр приступает к поискам, с ней знакомится Лаки — мальчик, родителей которого убил ёма. После беседы, во время которой Лаки высказывает Клэр своё дружелюбие, клеймор, чувствуя от него запах ёма, решает проследить за ним. Так она находит и убивает оборотня, который скрывался под обликом погибшего (как оказалось) брата Лаки. Вскоре после этого Лаки подвергается изгнанию — судьбе всех детей, чьи родственники были сожраны ёма. Он решает последовать за Клэр, в которой видит не монстра, как остальные люди, а воительницу, отомстившую за смерть его близких, и просто прекрасную девушку. Так начинаются странствования клеймор и человека.

Стоит сказать что сюжет манги достаточно нестандартен. Изначально история представляется в виде обычной и непримечательной саги, виданой сотни раз; но все радикально меняется уже в 6-8 сериях, когда рассказывается про прошлое Клэр. Потому многих, кто не досматривает сериал до этого момента, удивляет его примитивность, что совсем не так.